Los murciélagos pueden tener de una a tres camadas en una temporada, dependiendo del tipo y las condiciones ambientales, como la disponibilidad de alimentos, que en Costa Rica por ejemplo son abundantes. Las hembras suelen tener una camada tras otra. Las hembras de murciélagos amamantan a sus crías hasta que casi son adultos; Esto se debe a que un murciélago joven no puede alimentarse solo hasta que sus alas hayan tomado dimensiones adultas, y pueda volar, atacar a sus presas y valerse por si mismo.
Hay muchas hembras de murciélago que son capaces de no quedarse embarazadas aunque se apareen, debido a que acumulan los espermatozoides en su cuerpo y mas adelante cuando las condiciones sean optimas podrán tener descendencia.
Algunas especies son monógamas. Otras especies son poliginosas, lo que significa que un macho puede aparearse con varias hembras. En estas especies, los machos pueden luchar por el control de las hembras y tener varias parejas a la vez.
En los murciélagos martillo africanos, los machos se caracterizan por cortejar a la hembra a base de fuertes aleteos de las alas.
Murcielagos 